凌云發(fā)動機研制過程中遇到了不少技術難題。

比如，要解決泵氣損失大、經濟性差的問題，于是采用了MILLER循環(huán)，通過進氣門早關讓混合氣燃燒更充分，降低油耗。

為提升燃燒效率，還應用了第II代智效燃燒系統(tǒng)，優(yōu)化缸徑沖程比，提高缸內滾流比與燃燒速度。

同時，350bar超高壓直噴系統(tǒng)通過高噴射壓力帶來出色霧化效果，降低顆粒物排放。

在增壓器方面，電子控制增壓器通過ECU電控技術，能根據(jù)工況控制增壓器，提升加速和超車性能。

為改善NVH性能，采用LUK鐘擺式雙質量飛輪和AAM剪式雙平衡軸，有效降低扭轉振動和階次沖擊。

在可重復使用方面，要攻克發(fā)動機的低成本快速使用維護、多次啟動能力、大范圍變推力的調節(jié)技術、控制技術以及關鍵組合件適應性技術等難題。

在實現(xiàn)垂直回收火箭上，除了要具備多次啟動能力，還需解決著陸前發(fā)動機推力大范圍調節(jié)的問題，讓推力調節(jié)范圍達到一定水平，以實現(xiàn)火箭平穩(wěn)著陸。

此外，熱防護也是個挑戰(zhàn)，比如超燃沖壓發(fā)動機工作速度在5馬赫以上時，空氣摩擦會導致飛行器產生高熱。