醉駕立案但證據(jù)不足時，公安機關(guān)、檢察院和法院會依據(jù)《刑事訴訟法 》相關(guān)規(guī)定，按不同階段進行處理。

在偵查階段，公安機關(guān)有兩種選擇。一方面可以撤銷案件，直接終結(jié)程序；另一方面也能繼續(xù)移送審查起訴。這一階段的處理決定，取決于證據(jù)的收集和補充情況。進入審查起訴階段，檢察院對于需要補充偵查的案件，可以退回公安機關(guān)補充偵查，且以二次為限。要是二次補充偵查后，檢察院仍然覺得證據(jù)不足，不符合起訴條件，就應(yīng)當作出不起訴的決定。而到了審判階段，合議庭會根據(jù)具體情況判決，當證據(jù)不足，不能認定被告人有罪時，應(yīng)當作出證據(jù)不足、指控的犯罪不能成立的無罪判決。

醉駕立案后證據(jù)不足的處理，體現(xiàn)了司法機關(guān)遵循疑罪從無原則，維護了法律的公平與公正，保障了當事人的合法權(quán)益。