闖紅燈要扣分了。只有在處理完非法支付罰款后，才會清除積分。根據第六十六條第：條《機動車駕駛證申領和使用規(guī)定》 3360對機動車駕駛人道路交通安全違法行為的處罰和記分同步實施。機動車駕駛人一次違法行為記分超過兩次的，分別計算并累加。第六十七條機動車駕駛人對道路交通安全違法行為處罰不服，申請行政復議或者提起行政訴訟，原處罰決定被依法變更或者撤銷的，相應記分應當變更或者撤銷。第六十九條機動車駕駛人在一個記分周期內記分不滿12分且已繳納罰款的，記分清零；雖然分數未達到12分，但仍有未繳納的罰款，分數將結轉到下一個記分周期。