公司車輛登記證書丟失補辦的方法如下：1、公司代理人攜帶所需資料，開車到車輛注冊地車管所及各服務(wù)站辦理；2、車輛通過專門的查驗通道，直接到查驗點，開始查驗車輛；3、車管所工作人員對車輛進行查驗，查驗完成后，車主到查驗服務(wù)處確認信息；4、接著車主到業(yè)務(wù)大廳導辦服務(wù)臺辦理手續(xù)，排隊等待辦理；5、辦理手續(xù)后，在等候區(qū)等待叫號辦理業(yè)務(wù)，然后到對應窗口進行辦理；6、攜帶受理憑證到收費窗口交費；7、車主到取證窗口打印機動車登記證書，補辦完成。