是的，車輛的購置稅完稅證明和汽車合格證都會被留存在車管所備案的，其實車輛不管是全款買車也好，還是貸款買車也好，上牌的方式是一樣的，而且上牌的費用也是一樣的，并沒有什么改變，上牌只需要帶上你的購車發(fā)票，交強險的保單，和購置稅的完稅證明，車主身份證，就可以到車管所申請辦理車牌了，不過全款買車的時候，有的時候汽車合格證不能及時的拿到，因為汽車合格證被4s店抵押在了銀行，需要你交納購車款后4s店再去銀行把合格證贖回來，一般需要一個星期的時間，而貸款購車是在放貸的同時，汽車合格證就到了4s店，所以一般貸款購車上牌的時間比全款購車還要快一些，

在辦理落戶的時候，必須交出機動車合格證書，沒有合格證書的機動車是不能辦理落戶上牌手繼續(xù)的。機動車合格證書落戶后就裝在機動車的檔案里面了，在車管所存放。機動車落戶流程如下：1、購買機動車后，要先繳納交強險，可以在4S店直接辦理，也可以自己到保險公司辦理。同時4S店要提供臨時車牌。2、拿著交強險保單、購車發(fā)票、機動車出廠合格證書，到稅務(wù)局繳納車輛購置稅。3、拿著購置稅發(fā)票、購車發(fā)票、出廠合格證書、交強險保單、身份證，把車輛開到車管所，進大廳填寫車輛落戶申請表，繳納落戶費。然后到指定窗口查詢是否免檢車輛，是免檢車輛的，直接打印免檢合格證書。然后到室外進行拍照和外觀檢查，要準(zhǔn)備好滅火器和警示三腳架，有免檢合格證書的，不用上線檢測。不是免檢車輛的，還要上線檢測。4、外檢或者上線檢測結(jié)束后，回到大廳，到指定窗口領(lǐng)取機動車登記證書和機動車行駛證，同時發(fā)放年審貼和環(huán)保合格貼以及車輛牌照和防盜螺絲，把牌照裝好就可以了。