限速40開到65的是要被扣分的，因為已超速50%以上，具體要扣多少分要根據(jù)行駛的路段和車輛的使用性質分為12分、9分、6分。

根據(jù)《道路交通安全違法行為記分管理辦法》

第八條 機動車駕駛人有下列交通違法行為之一，一次記12分：

（一）飲酒后駕駛機動車的；

（二）造成致人輕傷以上或者死亡的交通事故后逃逸，尚不構成犯罪的；

（三）使用偽造、變造的機動車號牌、行駛證、駕駛證、校車標牌或者使用其他機動車號牌、行駛證的；

（四）駕駛校車、公路客運汽車、旅游客運汽車載人超過核定人數(shù)百分之二十以上，或者駕駛其他載客汽車載人超過核定人數(shù)百分之百以上的；

（五）駕駛校車、中型以上載客載貨汽車、危險物品運輸車輛在高速公路、城市快速路上行駛超過規(guī)定時速百分之二十以上，或者駕駛其他機動車在高速公路、城市快速路上行駛超過規(guī)定時速百分之五十以上的；

（六）駕駛機動車在高速公路、城市快速路上倒車、逆行、穿越中央分隔帶掉頭的；

（七）代替實際機動車駕駛人接受交通違法行為處罰和記分牟取經濟利益的。

第九條 機動車駕駛人有下列交通違法行為之一，一次記9分：

（一）駕駛7座以上載客汽車載人超過核定人數(shù)百分之五十以上未達到百分之百的；

（二）駕駛校車、中型以上載客載貨汽車、危險物品運輸車輛在高速公路、城市快速路以外的道路上行駛超過規(guī)定時速百分之五十以上的；

（三）駕駛機動車在高速公路或者城市快速路上違法停車的；

（四）駕駛未懸掛機動車號牌或者故意遮擋、污損機動車號牌的機動車上道路行駛的；

（五）駕駛與準駕車型不符的機動車的；

（六）未取得