駕駛C1駕駛證駕駛摩托車被扣12分的處理辦法如下：

首先，需要參加為期七日的道路交通安全法律、法規(guī)和相關知識學習。在十五日內，機動車駕駛證核發(fā)地或者違法行為地公安機關交通管理部門將組織學習。

學習結束后，車輛管理所將在二十日內對駕駛人進行道路交通安全法律、法規(guī)和相關知識考試。

如果考試合格，記分將被清除，機動車駕駛證將被發(fā)還；如果考試不合格，駕駛人將繼續(xù)參加學習和考試。如果駕駛人拒不參加學習，也不接受考試，公安機關交通管理部門將公告其機動車駕駛證停止使用。

值得注意的是，駕駛C1駕駛證行駛摩托車是準駕車款不符，屬于無證駕駛。如果被交警查出，將會被記9分，并處以200元以上兩千元以下的罰款。

根據(jù)《道路交通安全違法行為記分管理辦法》第九條第五項，駕駛與準駕車型不符的機動車的機動車駕駛人一次記9分。

同時，根據(jù)《中華人民共和國道路交通安全法》第九十九條第一項，未取得機動車駕駛證、機動車駕駛證被吊銷或者機動車駕駛證被暫扣期間駕駛機動車的，由公安機關交通管理部門處以二百元以上二千元以下的罰款。