C1駕照被扣12分后的處理流程如下：

1、根據(jù)《機動車駕駛證申領和使用規(guī)定》的相關規(guī)定，一旦駕駛?cè)嗽谝粋€記分周期內(nèi)累積記分達到12分，公安機關交通管理部門將扣留其機動車駕駛證。

2、駕駛?cè)吮仨氃谑迦諆?nèi)到機動車駕駛證核發(fā)地或違法行為地的公安機關交通管理部門參加為期七日的道路交通安全法律、法規(guī)和相關知識學習。

3、參加完學習后，駕駛?cè)诵柙诙諆?nèi)參加道路交通安全法律、法規(guī)和相關知識考試。考試合格后，記分將被清除并發(fā)還機動車駕駛證。若考試不合格，則需繼續(xù)參加學習和考試。對于拒不參加學習也不接受考試的駕駛?cè)?，公安機關交通管理部門將公告其機動車駕駛證停止使用。