車輛駕駛證有12分違章沒有處理，如果被交警查到是不會被扣車的，但是會被扣留車輛駕駛證。

根據(jù)《機動車駕駛證申領(lǐng)和使用規(guī)定》第五十八條的規(guī)定：機動車駕駛?cè)嗽谝粋€記分周期內(nèi)累積記分達到12分時，公安機關(guān)交通管理部門應(yīng)當扣留其機動車駕駛證。

機動車駕駛?cè)藨?yīng)當在十五日內(nèi)到機動車駕駛證核發(fā)地或違法行為地公安機關(guān)交通管理部門參加為期七日的道路交通安全法律、法規(guī)和相關(guān)知識學習。

機動車駕駛?cè)藚⒓訉W習后，車輛管理所應(yīng)當在二十日內(nèi)對其進行道路交通安全法律、法規(guī)和相關(guān)知識考試?？荚嚭细竦模浄钟枰郧宄?，發(fā)還機動車駕駛證；考試不合格的，繼續(xù)參加學習和考試。

拒不參加學習，也不接受考試的，公安機關(guān)交通管理部門應(yīng)當公告其機動車駕駛證停止使用。