南京交通違章罰款繳納方式主要有四種。分別是：

1、自助機具轉賬方式

繳款人可持卡內有足額現(xiàn)金的南京市工商銀行借記卡或信用卡(牡丹暢通卡可在透支額度內繳納)通過南京市工商銀行的自助終端、存取款一體機進行轉賬自助繳納。

2、現(xiàn)金方式

持現(xiàn)金的繳款人可通過南京市工商銀行的存取款一體機自助繳納100元整數(shù)倍罰款，對于處罰金額為50元奇數(shù)倍或處罰金額為50元以下的，可通過南京市工商銀行33家指定網(wǎng)點的柜面辦理。

3、網(wǎng)上銀行方式

已開通工商銀行網(wǎng)上銀行的繳款人，可以通過工商銀行網(wǎng)上銀行進行自助繳納。

4、牡丹暢通卡自助繳款方式

該卡內附有機動車駕駛人身份信息的芯片，可以通過人機對話的方式履行適用簡易程序處理非現(xiàn)場交通違法的法律程序。機動車駕駛人持牡丹暢通卡，可以通過工商銀行的網(wǎng)上銀行、電話銀行、工商銀行各家網(wǎng)點的多媒體自助終端等多種方式自助繳納各類交通違法罰款。