新車上牌后，車輛合格證原件通常不會直接返還給車主，而是由車管所存檔備案。作為汽車出廠時的重要憑證，合格證不僅是車輛符合國家技術標準的證明，更是完成注冊登記的核心材料之一。根據(jù)《機動車登記工作規(guī)范》的要求，車管所會將合格證與購車發(fā)票、購置稅完稅證明等資料一同存入車輛檔案，這一檔案將作為車輛全生命周期的法定記錄，在后續(xù)過戶、外遷等手續(xù)中發(fā)揮關鍵作用。而對于貸款購車的車主，在還清貸款前，合格證可能由貸款機構暫時保管，待貸款結清后，車主需向貸款機構索回并前往車管所更新登記信息，以完成證件的最終交接。

需要注意的是，不同購車場景下合格證的流轉路徑存在差異。對于全款購車的車主而言，在完成上牌流程后，合格證原件會直接由車管所歸檔，這是法定的備案要求，并非個別機構的額外規(guī)定。而貸款購車的情況則略有不同，由于車輛在貸款期間涉及抵押權的設定，部分貸款機構會在放款前留存合格證作為風險管控的手段，待車主按合同約定還清全部貸款本息后，機構會將合格證歸還車主，車主需攜帶該證件到車管所辦理抵押解除手續(xù)，此時車管所會更新檔案中的抵押狀態(tài)信息，確保車輛權屬回歸完整。

從法律依據(jù)來看，《機動車登記工作規(guī)范》明確將合格證列為注冊登記必須收存的資料之一，這一規(guī)定的核心目的是通過官方存檔的方式，保障車輛來源的合法性與技術標準的合規(guī)性。車輛從出廠到上牌的全流程中，合格證是串聯(lián)生產(chǎn)、銷售、登記環(huán)節(jié)的關鍵憑證，其存檔行為既是對國家機動車管理體系的支撐，也為車主后續(xù)的車輛交易、產(chǎn)權變更提供了法定依據(jù)。

購車時，車主應注意與經(jīng)銷商確認合格證的交付節(jié)點。正常情況下，經(jīng)銷商需在車輛交付時同步提供合格證，若存在延遲交付的情況，車主可依據(jù)購車合同與經(jīng)銷商協(xié)商，必要時可向市場監(jiān)管部門或消費者協(xié)會尋求幫助。尤其對于新車而言，合格證是車輛出廠時隨車附帶的法定文件，其費用已包含在購車款中，不存在額外收費的情況，車主無需為此支付其他費用。

二手車交易中，由于車輛已完成過首次登記，合格證原件已存入原車主的車輛檔案，因此新車主無法獲得新的合格證，只需確認車輛登記證書（大綠本）上的信息完整即可。若二手車存在合格證缺失的情況，可能是原登記流程存在瑕疵，需謹慎核實車輛的合法性，避免購買到手續(xù)不全的車輛。

綜上所述，車輛合格證的歸屬與管理遵循法定流程，其存檔或保管行為均是為了保障車輛的合法合規(guī)使用。車主在購車及后續(xù)用車過程中，需關注合格證的流轉狀態(tài)，尤其是貸款購車的車主，應在貸款結清后及時辦理相關手續(xù)，確保自身對車輛的完整所有權。同時，通過正規(guī)渠道購車、確認證件齊全，是避免后續(xù)手續(xù)糾紛的關鍵前提。