電子油門加速器的缺點一般不會導致油耗大幅增加。

其缺點主要包括操控難度加大和油耗有所增加。

操控難度方面，無論路況如何，駕駛者都會執(zhí)行加速意愿，在夜間視線不良、雨雪天路滑時，過猛加速會增加行車危險。

油耗增加不是因為電子油門加速器本身，而是安裝后駕駛習慣改變，車變快了，駕駛員不自覺狠給油，且油門響應提升使駕駛風格趨于激烈，不過增加的油耗不算很高，通常在 5%-10%之間，對于追求提速和動力的人來說能接受。

手動擋車型安裝后，油離配合難度會增加，不利于精確控制起步。

此外，電子油門傳感器壞了會導致節(jié)氣門開度信號無法傳給電腦，車輛行駛可能加不上油、油門卡滯。

節(jié)氣門過臟會造成 EPC 燈頻繁點亮，車輛行駛中會突然熄火、不停抖動，需拆下清洗并重新匹配。